El Parque Nacional Yaxha-Nakum-Naranjo es administrado de forma conjunta por el Consejo Nacional de Areas Protegidas -CONAP- y por la Direccion de Patrimonio Cultural y Natural del Ministerio de Cultura y Deporte -MICUDE-. El PNYNN constituye un modelo unico de co-administracion para el manejo de areas protegidas en Guatemala que busca garantizar que la toma de decisiones se realice bajo un proceso de consenso y que las comunidades locales reciban beneficios tangibles de la conservacion del Parque.

Para cumplir con ello, se creo el Fondo Patrimonial Yaxha que esta orientado a apoyar iniciativas que contribuyan al desarrollo sostenible del Parque y de las comunidades de influencia. Este fondo es administrado por un Consejo Consultivo conformado por: el Secretario Ejecutivo del CONAP, el Ministro de Cultura y Deporte, el Director del Centro Universitario de Peten de la Universidad de San Carlos de Guatemala, el Director del Instituto Guatemalteco de Turismo, el Alcalde Municipal de Flores (Peten), el Alcalde Municipal de Melchor de Mencos (Peten) y un representante de las 12 comunidades aledañas.

Los fondos recaudados por las visitas de turistas al Parque son invertidos en el fortalecimiento del desarrollo integral de la region de Yaxha ya que favorecen tanto el desarrollo economico de las comunidades de influencia inmediata como la conservacion del patrimonio natural y cultural del Parque. Se ha motivado la participacion de las comunidades aledañas en la actividad turistica y se ha llevado a cabo un proceso de cambio de practicas basadas en la deforestacion y la depredacion hacia practicas de conservacion e involucramiento en la prestacion de servicios turisticos.