Ubicado en la mayor de las islas en el extremo suroeste de la laguna de Yaxha, Topoxte, que significa árbol de ramón, es el único sitio que muestra una arquitectura monumental del período Posclásico (900-1450 d.C.), cuando todos los sitios de la zona había sido abandonado. Se estima que entre 1150 y 1200 d.C., algunas comunidades migrantes, con afiliaciones políticas a la Península de Yucatán, se asentaron de manera permanente en esta ciudad.

Todo el conjunto urbano de la isla está organizado en terrazas sobre las que se construyeron no menos de 100 plataformas que soportaban edificios ceremoniales, administrativos y residenciales de la élite. En el sector ceremonial de la Isla de Topoxte, ubicado en la parte más alta de la misma y caracterizado por estelas y pequeños altares, se han encontrado importantes enterramientos. Las residencias de la gente común se distribuyeron en los sectores bajos de la isla, donde también había varios muelles. Debido a estas características únicas, la isla se considera un relicario de los antepasados.

Topoxte es accesible en barco durante todo el año. El servicio de lancha es brindado por la Asociación Comunitaria para el Desarrollo Integral Los Tulipanes de Yaxha.